De Vergulden Eenhoorn ligt in het Eenhoorngebied in Amsterdam-Oost; het gebied tussen de Wibautstraat, Ringdijk, Nobelweg en Gooiseweg. Tot begin zeventiende eeuw was dit slechts watergebied; hier lag namelijk het Diemermeer. In 1629 werd het gebied drooggelegd en ontstond de Watergraafsmeerpolder. Het gebied groeide uit tot een belangrijk gebied voor de voedselvoorziening van Amsterdam.

Daarnaast was dit buitengebied van de stad ook een populair recreatiegebied. In zeventiende en achttiende eeuw lieten Amsterdamse patriciërs in deze landelijke omgeving van de stad buitenhuizen en moes- en pleziertuinen bouwen. Zo ook de chirurgijn Jan van Meeckeren.

In 1702 liet van Meeckeren De Vergulden Eenhoorn bouwen als buitenverblijf. Het pand werd tevens gebruikt als apotheek en drogisterij met waarschijnlijk plantaardige geneesmiddelen uit de eigen moestuin. Bij de bouw liet van Meeckeren op de voorgevel een gevelsteen aanbrengen met een goud vergulde eenhoorn. De gevelsteen met de eenhoorn is het beeldmerk voor artsen en apothekers en verwijst naar de medicinale kracht van de hoorn.

Veel buitenhuizen in de Watergraafsmeer zijn in de negentiende eeuw vanwege economische stagnatie afgebroken. De grond werd verkaveld en opnieuw verkocht. In het Eenhoorngebied is De Vergulden Eenhoorn samen met naastgelegen woonhuis ’t Scheepje de enige overgebleven pre-stedelijke bebouwing.

De Vergulden Eenhoorn heeft veel verschillende eigenaren gehad en behalve de functie van buitenverblijf heeft het gebouw ook de functie van boerderij gekend. Begin negentiende eeuw werd het pand uitgebreid met diverse bijgebouwen, waaronder een koeienstal (huidige restaurant), een varkens-en kippenschuur en een melkhuisje. In 1973 is het gebouw, na enkele jaren van leegstand, opnieuw aangepast en sindsdien had het gebouw de functie van buurtcentrum.

Daarna is het in gebruik geweest als peuterspeelzaal en anti-kraak gebruikt. In 2012 schreef de Gemeente een prijsvraag uit om het beste plan voor het terrein te vinden. Dat plan is het huidige, De Vergulden Eenhoorn zoals we het nu kennen. Restaurant, café en hotel met een grote picknicktuin eromheen: open sinds 2015!